为适应社会对环境保护高层次人才的需求，环境科学与工程系从2003年招收工程硕士专业学位研究生（环境工程领域）。环境工程领域工程硕士培养计划为企事业单位从事与环境保护、城市建设、城市规划与管理、环境卫生、公共健康与安全等方面工作以及有志于从事环保事业的在职人员提供了一个良好的学习平台，让学员能够系统学习环境工程的基本理论和技术，了解和掌握国内外环境工程技术的现状及发展趋势，并在工程技术的开发、工程设计与工艺模拟、规划管理等方面得到良好的训练，提高独立从事工程技术的研究、开发、设计、改造及管理的能力，努力使学员成为环境工程领域的高级技术人才。
| 主要研究方向: | | |
| 污染控制工程 | 清洁生产技术 | 环境生态产业工程 |
| 环境评价与规划 | 环境健康与安全 | |
| 主要专业课程: | | |
| 环境工程原理 | 环境政策分析 | 水处理化学 |
| 污染控制 | 反应器与反应动力学 | 生态规划与设计 |
| 环境评价 | 产业生态学 | 水处理理论与设计 |